公益通報者保護法改正と企業の内部通報制度の見直し

2025年（令和7年）6月に公益通報者保護法の一部を改正する法律が公布され、2026年（令和8年）12月1日に施行されます。

今回の改正は、公益通報者の保護を強化するだけでなく、企業に対して、内部通報制度の実効性をより強く求める内容となっています。

内部通報制度は、不祥事を外部に出さないための制度ではありません。企業が問題を早期に把握し、是正し、法令違反や社会的信用の毀損を防ぐためのリスク管理制度です。

今回の改正を踏まえると、企業は、単に通報窓口を設置しているだけでは足りず、通報を受けた後の調査、秘密保持、通報者保護、人事措置の判断過程まで含めて、実効的に機能する制度になっているかを確認する必要があります。

1　公益通報者保護法の基本構造

公益通報者保護法は、公益通報をした者に対する不利益取扱いを禁止し、公益通報に関して事業者等がとるべき措置を定める法律です。

同法の目的は、公益通報者の保護にとどまりません。法令違反の是正を通じて、国民の生命、身体、財産その他の利益を保護し、社会経済の健全な発展に資することも目的とされています。

2　保護対象者の範囲が広がっています

改正後の公益通報者保護法では、公益通報を行う主体として、労働者、派遣労働者、役員に加え、特定受託業務従事者、いわゆるフリーランス等も明示されています。

企業実務では、従業員だけでなく、派遣労働者、業務委託先、フリーランス、役員などからの通報についても、公益通報者保護法上の保護対象になり得ることを前提に対応する必要があります。

特に、近年は、業務委託契約、フリーランス、副業・兼業人材、外部専門家の活用が広がっています。内部通報規程が「従業員」だけを対象とする内容になっている場合には、改正法に対応できているかを確認する必要があります。

3　公益通報を理由とする不利益取扱いは禁止されます

公益通報者保護法は、公益通報をしたことを理由として、公益通報者に対して不利益な取扱いをすることを禁止しています。

労働者については、公益通報を理由とする解雇その他不利益な取扱いが禁止されます。派遣労働者については、派遣契約の解除や派遣労働者の交代要求等が問題となります。特定受託事業者については、業務委託契約の解除、取引数量の削減、取引停止、報酬減額等が問題となります。役員については、報酬減額その他の不利益取扱いが禁止され、解任については損害賠償請求の対象となり得ます。

企業としては、公益通報があった後に、解雇、懲戒、降格、配置転換、評価引下げ、契約解除、取引停止などを行う場合には、その措置が公益通報を理由とするものではないことを説明できるようにしておく必要があります。

4　公益通報後の解雇・懲戒には推定規定があります

今回の改正で、企業実務上特に重要なのが、公益通報後の解雇・懲戒に関する推定規定です。

改正後は、公益通報者に対する解雇等特定不利益取扱いが、法定の起算点から1年以内にされた場合には、その解雇等特定不利益取扱いは、公益通報をしたことを理由としてされたものと推定されます。

ただし、この1年の起算点は、通報先によって異なります。

役務提供先等に対する内部通報の場合は、公益通報をした日が起算点となります。これに対し、行政機関への通報又は外部への通報の場合で、事業者がその公益通報がされたことを知って解雇等特定不利益取扱いをしたときは、事業者がその公益通報を知った日が起算点となります。

そのため、特に行政機関への通報や外部通報については、通報日そのものではなく、企業が当該通報の存在を知った時点を把握しておくことが重要になります。外部通報の場合、事業者が通報の存在を後日知ることもあり得るためです。

企業が、公益通報とは別の理由で懲戒処分や解雇を行う場合であっても、法定の起算点から1年以内であれば、公益通報を理由とするものではないことを説明する必要が生じます。

そのため、通報者について人事上の措置を行う場合には、通常以上に慎重な検討が必要です。特に、懲戒処分を検討する場合には、問題行動の内容、指導経過、本人の弁明、処分理由、処分量定の相当性、過去の類似事案との均衡などを記録化しておく必要があります。

5　公益通報を理由とする解雇・懲戒には刑事罰が設けられます

改正後は、公益通報を理由とする一定の不利益取扱いについて、刑事罰が設けられます。

具体的には、労働者に対して、公益通報を理由として解雇等特定不利益取扱いをした場合、行為者に対して、6月以下の拘禁刑又は30万円以下の罰金が科され得ます。

また、法人の代表者、代理人、使用人その他の従業者が、法人の業務に関してこの違反行為をした場合には、行為者を罰するだけでなく、法人に対しても3000万円以下の罰金刑が科され得ます。

この点は、従来の民事上の無効という効果に加えて、刑事罰のリスクが生じるという意味で、企業の内部通報対応に大きな影響を及ぼします。

もっとも、実務上重要なのは、「刑事罰がある」という点だけではありません。通報後の人事措置について、事前に法務・人事・コンプライアンス部門が連携し、公益通報との関連性が疑われないよう、判断過程を整理しておくことです。

6　通報妨害は禁止されます

改正後は、公益通報を妨げる行為が明確に禁止されます。

例えば、従業員や業務委託先に対して、公益通報をしない旨の合意を求めることや、公益通報をした場合に不利益な取扱いをすることを告げることなどは問題となり得ます。

実務上は、秘密保持契約、退職合意書、和解契約、業務委託契約、誓約書などの文言に注意が必要です。

もちろん、企業秘密や個人情報の保護は重要です。しかし、その文言が、公益通報を萎縮させる内容になっている場合には、通報妨害と評価されるリスクがあります。

特に、退職時の誓約書や和解合意書において、「社内外に一切の情報を漏らさない」「行政機関その他第三者に申告しない」といった包括的な文言を置いている場合には、公益通報者保護法との関係で見直しが必要です。

7　通報者探索は禁止されます

今回の改正で、企業実務上特に注意すべきものの一つが、通報者探索の禁止です。

改正後は、事業者が、正当な理由なく、公益通報者である旨を明らかにすることを要求することその他の公益通報者を特定することを目的とする行為をすることが禁止されます。

現場では、通報があった場合に、管理職や関係部署が、次のような確認をしようとすることがあります。

• 誰が通報したのか
• この内容を知っているのは誰か
• 通報者はおそらく誰か
• 誰が外部に話したのか

しかし、改正後は、このような対応が通報者探索と評価されるリスクがあります。

もちろん、通報内容を調査するために、関係者から事実確認を行うこと自体が直ちに禁止されるわけではありません。しかし、調査の目的は、通報対象事実の有無を確認することであり、通報者を特定することではありません。

調査担当者は、聞き取りの際にも、通報者の特定につながる質問を避ける必要があります。また、通報内容の共有範囲を必要最小限に限定し、通報者が推測されないよう情報管理を徹底する必要があります。

8　公益通報対応業務従事者の守秘義務

公益通報対応業務従事者には、公益通報対応業務に関して知り得た事項であって、公益通報者を特定させるものを漏らしてはならない義務があります。

内部通報制度では、通報者の秘密が守られるという信頼がなければ、制度は機能しません。

そのため、企業は、公益通報対応業務従事者を形式的に指定するだけでなく、誰がどの範囲で情報にアクセスできるのか、調査資料をどこに保管するのか、メールやチャットでどのように共有するのか、経営層や人事部門にどの段階で報告するのかを明確にしておく必要があります。

特に、通報者を特定させる情報は、氏名に限られません。部署、役職、関与した業務、相談経緯、通報内容の詳細などから、通報者が推測される場合もあります。

9　内部通報体制整備義務と行政措置

企業は、公益通報に適切に対応するため、公益通報対応業務従事者を定め、内部公益通報に応じるために必要な体制の整備、労働者等への周知その他の必要な措置をとる必要があります。

常時使用する労働者の数が300人以下の事業者については、これらは努力義務とされています。しかし、努力義務であっても、内部通報制度を整備しなくてよいという意味ではありません。企業規模、事業内容、不祥事発生時の影響、取引先や親会社からの要請等を踏まえると、中小企業であっても、一定の通報窓口や相談体制を整備しておくことが望ましい場合があります。

また、改正後は、体制整備義務等に関する行政措置も強化されています。ただし、従事者指定義務と体制整備義務では、違反した場合の効果が異なります。

常時使用する労働者の数が300人を超える事業者が公益通報対応業務従事者を定める義務に違反している場合には、助言・指導、勧告、命令、公表、報告・立入検査等の対象となり得ます。

これに対し、内部公益通報に応じ、適切に対応するために必要な体制整備義務に違反している場合には、助言・指導、勧告の対象となり、勧告に従わない場合には公表の対象となり得ますが、従事者指定義務違反の場合と異なり、命令や刑事罰の対象としては整理されていません。

10　企業が誤解しやすいポイント

「通報者を確認しなければ調査できない」という誤解

通報内容の調査は必要です。しかし、調査の目的は、通報対象事実の有無を確認し、必要な是正措置を講じることです。通報者を特定することではありません。

通報者の特定につながる聞き取りや情報共有は、通報者探索と評価されるリスクがあります。

「通報後でも、別の理由があれば懲戒できる」という誤解

通報後であっても、通報とは無関係の理由に基づき、適正な手続で懲戒処分を行うことが常に禁止されるわけではありません。

しかし、公益通報後、法定の起算点から1年以内の解雇等特定不利益取扱いについては、公益通報を理由とするものと推定されます。内部通報の場合は公益通報をした日が起算点となりますが、行政機関への通報又は外部への通報の場合で、事業者がその公益通報がされたことを知って解雇等特定不利益取扱いをしたときは、事業者が当該公益通報を知った日が起算点となります。

そのため、企業側は、通報とは無関係の理由による措置であることを、客観的資料により説明できるようにしておく必要があります。

「窓口を設置していれば足りる」という誤解

内部通報制度は、窓口を設置するだけでは足りません。

通報受付後の調査体制、公益通報対応業務従事者の指定、秘密保持、通報者探索の防止、是正措置、記録管理、通報者への不利益取扱い防止まで含めて、実効的に機能する制度である必要があります。

「匿名通報は対応しなくてよい」という誤解

匿名通報であっても、内容が具体的であり、法令違反や重大な不正の可能性がある場合には、調査・確認が必要となる場合があります。

匿名であることだけを理由に一律に放置する運用は、内部通報制度の実効性という観点から問題があります。

「秘密保持契約で外部通報を防げる」という誤解

企業秘密や個人情報を保護することは重要です。

しかし、公益通報をしない旨の合意を求めたり、公益通報をした場合に不利益な取扱いをすることを告げたりすることは、通報妨害として問題となり得ます。

退職合意書、和解契約、秘密保持誓約書、業務委託契約などの文言は、公益通報者保護法との関係で見直す必要があります。

11　施行までに確認すべきチェックポイント

企業としては、少なくとも次の点を確認しておくことが望まれます。

12　まとめ

2026年12月1日に施行される改正公益通報者保護法は、企業の内部通報制度に大きな影響を与えます。

特に、公益通報後、法定の起算点から1年以内の解雇・懲戒に関する推定規定、公益通報を理由とする解雇・懲戒への刑事罰、通報妨害の禁止、通報者探索の禁止、体制整備義務等に対する行政措置の強化は、企業実務上重要です。

企業にとって重要なのは、通報を抑え込むことではありません。内部通報制度を通じて問題を早期に把握し、適切に調査し、必要な是正措置を講じることです。

今回の改正を契機として、内部通報規程、通報窓口、調査体制、秘密保持、人事措置の判断プロセスを見直し、実際に機能する制度として整備しておくことが重要です。